Certains espèces se prêtent assez mal à la culture en miniature. Afin de limiter les déceptions au fil des années, il est recommandé d’éviter leur choix en bonsaï car, sauf exceptions qui bien sûr peuvent se présenter d’un sujet à l’autre dans une même espèce, les résultats risqueraient fort de ne pas être à la hauteur des efforts fournis pour les élever.

Espèces à feuilles trop grandes

Arbre à croissance du bois trop rapide entrainant une esthétique discutable en "petit format".

 Marronnier
 Weigela
 Platane
 Erable plane (Acer platanoïdes)
 Catalpa
 Paulownia
 Erable negundo (bois cassant) à élever à la rigueur en forêt, en le formant exclusivement par tailles successives et haubanages,
 Sureau

Quelques arbres de climats tropicaux ou sub-tropicaux tels que arbre à pain, raisin de mer, bananier, avocatier, flamboyant, eucalyptus (sauf gunnii : feuilles assez petites)

Un petit chapître particulier, comme un bémol, pour certains arbres ou arbustes qui en évitant de les démarrer en pleine terre, en limitant l’apport d’azote, d’eau, et avec de l’ombre au Printemps, peuvent réduire leurs feuilles au fil des années, être utilisés en forêt ou en style Literati (forme du Lettré) et donner ainsi des bonsai très appréciables :

 Chataignier
 les sorbiers : Sorbus aucuparia ou domestica,
 certains érables comme : érable sycomore (Acer pseudoplatanus), Acer davidii, Acer saccharum, Acer forrestii..
 famille des sumacs : Rhus tiphinia laciniata (superbes couleurs d’automne)
 Frêne (Fraxinus excelsior)

Espèces supportant mal de vivre en pot ou perdant des branches

 Bambous : racines trop vigoureuses (sauf ventricosa ou sasa à considérer comme des plantes d’accent plutôt que comme bonsai puisqu’il ne s’agit pas d’arbres).
 dans la famille des Légumineuses : robinier, mimosa, arbre de Judée
 bouleau : perte de branches, peut être utilisé en forêt pour limiter ce problème
 saule pleureur ou tortueux : à reformer d’année en année..
 chèvrefeuilles (pertes de branches) sauf fragrantissima, tatarica, nitida

Autres causes

 Noyer : Grandes feuilles mais surtout il ne supporte pas les tailles
 Ficus wiandii : bois très cassant, ramifie difficilement
 Mancenillier (Hyppomane mancinella, origine Antilles) : dangereusement acide et toxique
 éviter les variétés fastigiées avec lesquelles il est difficile d’obtenir de belles silhouettes de bonsaï, Taxus fastigiata par exemple (préférer les Taxus baccata, cuspidata etc. à port plus ouvert)

Espérance de vie un peu trop brève ou épaississement du bois trop limité

Bien se renseigner sur ce point au moment de l’achat, pour les plantes arbustives en particulier.

 Carmona : originaire des régions chaudes d’Asie du Sud-Est, s’adapte très mal aux climats plus froids, moins lumineux. Il est préférable de s’abstenir, sauf si l’on dispose d’une serre tropicale.
 les espèces à feuillages panachés un peu trop artificiels
 famille des Solanaceae : attire les aleurodes sur ces arbres puis tout autour.

Cas particulier des bonsai dits d’intérieur

Importés de régions où les hivers sont peu marqués, ces arbres demandent peu ou pas de repos d’hiver mais attention aux températures maximales à leur faire supporter en appartements chauffés, desséchants pour eux :
 les ficus et baobabs peuvent passer l’hiver autour de 20°C pour autant que la luminosité soit bonne et les arrosages adaptés à leurs besoins.
 Maxi 18°C pour le Murraya paniculata et l’Eugenia ou pitanguier
 Maxi entre 15 et 17°C pour Serissa, Orme de Chine et Sageretia (pouvant également être élevés en extérieur, hors gel en hiver).

Ces notions sont à considérer attentivement, de même que la luminosité dont ils ont besoin, avant tout achat d’un bonsaï.