Chez ce type de mycorhize, le mycélium du champignon pénètre à l’intérieur des cellules de la racine (partie extérieure).

Les plantes à endomycorhizes sont principalement les bruyères, les myrtilles, les orchidées et les herbes. Peu d’arbres (européens) sont concernés : l’if, l’acacia, les conifères exotiques

Certains arbres comme l’acacia peuvent être ecto ou endo.